失去了兗州（治今山東省鄆城縣西北），軍糧己盡，袁紹派人來勸說想讓曹操投靠他，讓曹操舉家遷到鄴縣當人質。
曹操本打算答應，但被程昱勸阻。
十月，曹操到達東阿。
興平二年（195年）春，曹操襲擊定陶（今山東定陶），濟陰太守吳資保守南城，曹操攻之不下。
呂布率軍前來，曹操將他擊敗。
夏季，曹操攻擊巨野，呂布率軍救援巨野，曹操擊破呂布軍，斬殺屯駐巨野的薛蘭等人。
呂布會合陳宮，率領一萬多人從東緡趕來，曹操令一半士兵藏于堤壩之內，一半在外誘敵。
呂布進軍，曹操派輕兵挑戰，雙方交戰后，曹操的伏兵出動，步騎并進，呂布大敗，鼓車被曹操繳獲，曹操一首追到呂布軍營才返回。
呂布連夜逃走，曹操追擊，又攻克定陶，分兵平定諸縣。
呂布前往徐州投奔劉備，張邈與呂布同行，留張超駐守雍丘。
七月，因關中李傕、郭汜的火拼，漢獻帝從長安東歸。
八月，曹操圍攻張超于雍丘。
十月，獻帝正式拜曹操為兗州牧。
十二月，曹操攻破雍丘，張超zisha。
曹操夷滅張邈三族，而張邈在求救袁術的途中被部下所殺。
兗州自此平定，曹操又率軍東攻陳國之地。
建安元年（196年）二月，曹操討平汝南、潁川一帶的黃巾軍何儀、劉辟等部，獻帝封曹操為建德將軍。
六月，經曹操謀士董昭的勸說，獻帝身邊的將軍楊奉等人表請拜曹操為鎮東將軍，襲父費亭侯之爵位。
建安元年（196年）七月，獻帝回到洛陽，董承為牽制韓暹等跋扈的將領，又密召曹操來洛陽。
八月，曹操來到洛陽，奏明韓暹、張楊之罪，韓暹逃奔楊奉，因護駕之功被獻帝特赦，于是曹操殺了侍中臺崇、尚書馮碩、議郎侯祈，封董承等十三人為列侯，曹操本人亦領